Il più grande filosofo e teologo di lingua inglese del suo tempo nacque probabilmente alla fine del 1265 o all'inizio del 1266, a Duns, pochi chilometri a ovest di Beerwick-upon-Tweed, in Scozia.
Non si hanno molte notizie certe sulla prima parte della vita di Giovanni Duns Scoto; una tradizione locale afferma che fu parzialmente istruito a North Uist, nelle Isole Occidentali, mentre un'altra sostiene che fu educato dallo zio paterno nel convento francescano di Dumfries, dove in seguito entrò a quindici anni, recandosi poi a Oxford per terminare gli studi. La prima data certa è quella dell'ordinazione come sacerdote francescano il 17 marzo 1291, a Northampton.
Dopo l'ordinazione, si recò a studiare per la cattedra di teologia a Parigi, dove rimase fino al 1296, ma sembra che fino a quel momento non l'avesse ancora ottenuta. Nel 1296 tornò a Oxford (e anche a Cambridge) dove tenne conferenze sulle Sentenze di Pietro Lombardo per molto tempo, rivedendo il suo lavoro fino al 1301.
Nel 1302 tornò a Parigi, ma fu costretto a lasciarla l'anno seguente, quando rifiutò di appoggiare l'appello del re francese, Filippo il Bello (1285-1314), contro papa Bonifacio VIII (1294-1303), in una disputa di potere tra Chiesa e Stato. Al suo ritorno, portò con sé una lettera di raccomandazione di Gonsalvo Ispano, suo insegnante e ministro generale dell'ordine, che lodava la «vita degna di lode» e l'«acuta genialità» di Giovanni, nominato poi Doctor Subtilis.
Nel 1305 ottenne finalmente la nomina di magister regens dall'università di Parigi e trascorse i successivi due anni tenendo conferenze. Alla fine del 1307, difese pubblicamente la teoria dell'Immacolata Concezione, sostenendo che la redenzione fosse stata concessa a Maria in anticipo, in quanto madre di Dio. Per la sua incolumità, fu trasferito all'università di Colonia, dove difese l'ortodossia cattolica contro i begardi e le beghine fino alla sua morte, avvenuta l'8 novembre 1308. Non si conoscono i motivi della sua morte precoce, all'età di soli quarantatré anni.
Giovanni fu seppellito nella chiesa francescana a Colonia. Inizialmente vicino all'altare dei Tre Re, fu poi spostato al centro del coro, vicino all'altare maggiore. Fu considerato immediatamente come santo, e le sue reliquie furono osannate in numerose occasioni nei secoli successivi.
Un segno di interesse per il culto è il gran numero di rappresentazioni artistiche nei secoli. In un ritratto di Benozzo Gozzoli (1420-1497), nel chiostro di un convento francescano a Mönchengladbach, Giovanni è raffigurato mentre guarda verso l'alto, come se ascoltasse una fonte di ispirazione. Una statua moderna di Tritschler a Duns e un dipinto attribuito a Giusto di Gand a Palazzo Ducale di Urbino lo rappresentano in pose simili.
Gerard Manley Hopkins, nel suo sonetto Duns Scotus's Oxford, scrive: «Egli [...] che fra tutti gli uomini fa fluttuare il mio spirito nella pace». La causa della beatificazione iniziò a Colonia nel 1706, proseguì a Nola nel 1710 e di nuovo nel 1905-1906. L'8 febbraio 1906, il vescovo di Nola confermò il culto «da tempi immemorabili». Il 20 marzo 1993, papa Giovanni Paolo II lo proclamò beato per tutta la Chiesa universale.
Giovanni Duns Scoto fu uno studioso la cui vita fu priva di grandi avvenimenti; eccelse nell'insegnamento e nella composizione letteraria, influenzando notevolmente i suoi successori. Iniziò a scrivere un compendio basato sugli insegnamenti di Avicenna, San Paolo, Sant'Agostino, Alessandro di Hales e San Bonaventura.
Dotato di un ingegno acuto e obiettivo, Giovanni difese l'autonomia della teologia. Utilizzò la filosofia di Avicenna solo quando le sue dottrine non erano in contrasto con quelle cristiane. Il fulcro del suo pensiero era l'esistenza come oggetto fondamentale dell'intelletto e l'amore come nucleo della filosofia: Dio come infinito amore dell'Essere, l'amore di Dio per le sue creature e l'Incarnazione come mezzo per ricambiare questo amore.
Questa prospettiva teologica, che gli valse il titolo di Doctor Marianus per la sua devozione a Maria, rifletteva lo spirito francescano di San Francesco, celebrando l'amore e la gioia della creazione attraverso le sue opere e insegnamenti.
MARTIROLOGIO ROMANO. A Colonia in Lotaringia, ora in Germania, beato Giovanni Duns Scoto, sacerdote dell’Ordine dei Minori, che, di origine scozzese, maestro insigne per sottigliezza di ingegno e mirabile pietà, insegnò filosofia e teologia nelle scuole di Canterbury, Oxford, Parigi e Colonia.