Al di sotto della navata di sinistra si apre una grotta naturale indicata da tradizione come la casa di Zaccaria ed Elisabetta e il luogo stesso in cui nacque Giovanni il Battista. Questa è già menzionata nel 1106 da un pellegrino russo: vi era presente “una piccola caverna in cui nacque il Precursore”. Durante gli scavi francescani degli anni Quaranta, alla base di questa cavità sono emerse ceramiche databili tra I secolo a.C. e il 70 d.C. e un mikveh – testimonianze archeologiche che arricchiscono la memoria del sito.
All’interno della grotta si trova la cappella del Benedictus, con l’altare che reca la scritta in latino HIC PRECURSOR DOMINI NATUS EST (“Qui nacque il Precursore del Signore”), e un complesso pavimento musivo e ornamenti sacri, che rendono visibile agli occhi dei pellegrini il legame tra la fede, l’archeologia e il racconto biblico.