La Basilica dei Santi Giovanni e Paolo, situata sul Celio a Roma, ha una storia che risale alla fine del IV secolo. Secondo la tradizione, fu costruita dal senatore Bizante o dal figlio Pammachio nel 398, sul sito di un edificio precedente, utilizzato prima come domus ecclesiae da una comunità cristiana. Questo luogo divenne poi la sepoltura dei martiri Giovanni e Paolo, due fratelli che, sempre secondo la tradizione, subirono il martirio proprio nella loro casa nel 362, durante il regno dell'imperatore Giuliano l'Apostata. Tuttavia, alcune fonti storiche sostengono che l'edificio appartenesse alla famiglia di Pammachio, il fondatore della basilica.
La chiesa è citata per la prima volta nel 499, durante un sinodo indetto da papa Simmaco, con il nome di Titulus Pammachii o Titulus Byzantii, sottolineando così l'importanza della famiglia che la edificò.
Nel corso dei secoli, la basilica ha subito numerosi danni e restauri. Fu colpita dal sacco di Roma del 410 ad opera dei Visigoti e poi da un terremoto nel 442. I Normanni la saccheggiarono nel 1084, ma il papa Pasquale II promosse un importante restauro all'inizio del XII secolo, aggiungendo il campanile e un portico che sostituì l'originale nartece. Nel XVIII secolo, il cardinale Fabrizio Paolucci realizzò ulteriori interventi, mentre l'attuale facciata paleocristiana fu ripristinata nel 1951 dal cardinale Francis Joseph Spellman.
Oltre ad essere un importante luogo di culto, la basilica custodisce la tomba di San Paolo della Croce, fondatore dei Passionisti, che officiano ancora oggi la chiesa.
L'interno della basilica, che originariamente presentava tre navate, ha subito varie trasformazioni. Oggi le navate sono divise da pilastri che affiancano le antiche colonne. La navata principale è lunga 44,30 metri e larga 14,68, mentre le navatelle laterali misurano 7,40 metri di larghezza. Il sistema di archi e colonne crea un effetto di elevata luminosità e spaziosità, accentuato dalle finestre presenti nella navata centrale.
L'organo a canne della basilica, costruito nel 1856 e ampliato successivamente, è situato sulla cantoria e rappresenta uno degli strumenti più preziosi della chiesa.
Un’importante scoperta risale al 1887, quando furono riportati alla luce ambienti ipogei sotto la basilica, scoperti dal rettore dell'epoca, padre Germano da San Stanislao. Si tratta di un complesso di venti ambienti affrescati appartenenti a cinque edifici risalenti al periodo tra il I e il IV secolo. Questi rappresentano un raro esempio di domus ecclesiae ben conservata, con affreschi che narrano scene di martirio e temi cristiani, insieme a decorazioni di soggetto non cristiano, come il raffinato affresco del III secolo raffigurante Proserpina e altre divinità.
Tra gli elementi più significativi scoperti vi è anche un criptoportico, aggiunto nel IV secolo, dove furono affrescati temi cristiani, tra cui la decapitazione di santi e figure di oranti.
La Basilica dei Santi Giovanni e Paolo, con la sua ricca storia e il suo straordinario patrimonio archeologico e artistico, continua a essere un importante punto di riferimento per la devozione cristiana a Roma.