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Benedetto nacque nel villaggio di S. Fratello, vicino a Messina, intorno al 1526. I suoi genitori discendevano da schiavi africani e appartenevano a un proprietario terriero di nome Manasseri da cui presero il cognome. Suo padre Cristoforo fu promosso caposquadra e a Benedetto fu accordata la libertà perché figlio primogenito. Mentre cresceva stupiva i conoscenti per la sua santa condotta, tanto da meritarsi il soprannome di "il santo moro". Fu spesso schernito a causa del colore della sua pelle e dell'estrazione servile dei suoi genitori, ma la sua pazienza nel sopportare tali insulti convinse un giovane di nome Lanza, responsabile di un gruppo di giovani eremiti francescani, a riconoscere che Benedetto aveva la stoffa del religioso. Lo invitò a unirsi a loro. Quando Lanza mori, Benedetto fu scelto come superiore. Non molto tempo dopo, nel 1562, il papa ordinò agli eremiti di sciogliersi e di unirsi a un ordine riconosciuto. Benedetto scelse i Frati Minori dell'Osservanza ed entrò nella loro casa nelle vicinanze di Palermo come fratello converso. Dopo avere passato tre anni in un'altra casa, vi ritornò, a lavorare come cuoco, godendo della solitudine che tale incarico gli concedeva, pur non riuscendo a tener celata la propria santità ai fratelli.

Nel 1578 fu scelto come guardiano della casa, un incarico sorprendente per uno che era analfabeta e soltanto frate laico. Si dimostrò un superiore ideale, dotato di valida capacità di giudizio e gran tatto. La sua fama di santo e taumaturgo si diffuse per tutta la Sicilia, tanto che non poté più evitare l'attenzione e le richieste di favori della gente.

Alla scadenza del suo incarico di guardiano, grazie a quella conoscenza istintiva e quasi infusa della Scrittura e delle questioni teologiche, fu nominato vicario della casa e maestro dei novizi. In seguito gli fu permesso di ritirarsi da tali incarichi per tornare a fare il cuoco, ma, a questo punto, era troppo famoso per vivere nella solitudine desiderata: era visitato ogni giorno da poveri che chiedevano la carità, da malati che volevano essere curati e da ricchi (tra cui il viceré di Sicilia) che richiedevano consigli e direzione spirituale. La sua vita si basava sull'austerità, il digiuno e la penitenza.

Morì nel 1589 dopo breve malattia; il suo culto si diffuse in Italia, Spagna e America Meridionale, dove fu considerato protettore particolare della popolazione di colore. Fu canonizzato nel 1807 ed è uno dei santi patroni della città di Palermo.